关于“多肽质谱全序列测试与分析”等项目竞争性谈判前公示-华中科技大学协和深圳医院

关于“多肽质谱全序列测试与分析”等项目竞争性谈判前公示-华中科技大学协和深圳医院
根据华中科技大学协和**医院院内采购相关规定，拟对感染科科提交的以单一来源采购方式采购“多肽质谱全序列测试与分析”等项目进行谈判前公示。具体内容如下： *、采购项目名称： ①多肽质谱全序列测试与分析； ②细菌蛋白质组个性化检测和生物信息学分析； ③圆二色谱紫外扫描测试分析； ④等温滴定量热仪(ITC)在分子相互作用； ⑤靶位化合物改进及molecular docking.。 *、项目采购预算金额： 服务项目 项目单价（人民币元/个） 样品数 招标参数备注 *.多肽质谱全序列测试与分析 **** 按项目需求 多肽在质谱中的碎裂有一定规律，通常容易断裂的是肽键位置，得到分别命名为b离子（从N端）和y离子（从C端）的M/Z的图谱，从而进行多肽序列分析。包括步骤：*.蛋白样品制备与准备；*.测样方式：直接进样测定和样品用标准溶剂；*.液质联用（LC/MS）测定样品；*.数据分析，出具临床研究相关联分析与报告 *．细菌蛋白质组个性化检测和生物信息学分析 **** 按项目需求 主要包括蛋白质组的乙酰化、磷酸化分析：*.个性化蛋白表达分析（箱线图、小提琴图、分布密度图）；*.差异蛋白筛选及分析；*.蛋白功能分析（GO分析、通路分析、蛋白相互作用分析）；*.蛋白结构分析；*.靶分子结合位点预测等 *.圆二色谱紫外扫描测试分析 **** 按项目需求 进行蛋白小分子结构分析：包括步骤：*.制样（包括表达、纯化）；*.远紫外区的扫描（反映的是蛋白质肽键的排布信息，计算所得的是蛋白质二级结构比例，即α-螺旋、β-折叠、转角和不规则卷曲的比例）；*.近紫外区的扫描（映的是蛋白质侧链生色基团色氨酸、苯丙氨酸、酪氨酸等残基的排布信息和二硫键微环境的变化）；*.蛋白结构分析。 *. 根据靶位化合物改进及molecular docking **** 按项目需求 *. 靶蛋白三维结构的预测与模拟：靶蛋白的三维结构预测用到的软件是AlphaFold预测，其预测的结构首先看整体结构评分高低，其次看目标结构域的评分高低，若评分较高可进行下一步抑制剂或激动剂结合口袋的预测，其预测的软件是薛定谔（Schrödinger软件），根据文献报道以及预测的口袋评估那个口袋更适合做虚拟筛选的结合口袋； *.特定化合物库和靶蛋白相互作用的分子对接运算：使用的商用软件，根据化合物库的数量进行不同模式的筛选，**小于*W的化合物库，进行一轮XP模式（高精准模式）的筛选，大于*W的化合物，首先进行HTVS模式（高通量筛选模式）筛选，然后挑选打分排名前**% 的化合物进行第二轮SP模式的筛选（标准模式），随后挑选打分排名前**%的化合物进行第三轮XP模式的筛选，最后人工复核化合物结构和排名，的得到最终的化合物排名（一般，对客户分别提供各个库排名***名的化合物）； *.候选化合物与靶蛋白模拟作用的生物信息学分析：分析一般通过*D、*D相互作用模式图进行分析，其*D图可以用选薛定谔软件输出或lgplus输出，*D作图是通过PYMOL软件输出，这两个图都可直接用在发表文章中。 *.等温滴定量热仪(ITC)在分子相互作用 **** 按项目需求 等温滴定量热法是一种用于量化研究各种生物分子相互作用的技术。它可直接测量生物分子结合过程中释放或吸收的热量，实验数据以热谱图形式表示。 包括步骤：*.制样（包括表达、纯化）；*.样品滴定实验；*.缓冲液滴定实验；*.分析ITC实验测定的热量（包括结合常数（Ka)、反应化学量(n)、焓(∆H)和熵（ΔS））。 *、采购项目描述： 感染科在进行三名工程建设、实验室建设、科创委项目、院感质控经费、国家和省*级项目及重点学科工作任务等过程中，需要进行临床标本的蛋白检测的研究和分析 *、拟定服务商名单： （*）**瑞健生物科技有限公司 （*）***博诚生物科技有限公司 （*）***微纳菲生物技术有限公司 *、采购需求： 本课题组主要开展抗生素和生物被膜研究，需要开展各类蛋白分析及化合物检测。 *、情况公示期限：****年*月**日起至****年*月**日止。 *、拟定谈判时间：****年*月**日**：**时。 *、地址：******桃园路**号华中科技大学协和**医院采购办公室（门诊综合楼**楼B****室）。 *、采购人联系方式：华中科技大学协和**医院采购办公室，联系电话：****-********-***** 备注：如对此公示有异议，可于公示期内，以书面形式向华中科技大学协和**医院招标委员会反映，逾期将不再受理。 华中科技大学协和**医院招标委员会 ****年*月**日